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A.羊奶；水果

B.奶糖；果树

C.蛋白质；维生素

D.奶牛；超市

正确答案：C

【解析】分别将选项代入题干，确定逻辑关系。
A项：“牛奶”和“羊奶”属于并列关系，“苹果”是一种“水果”，二者属于包容关系中的种属关系，排除；
B项：“牛奶”是“奶糖”的原材料，二者属于对应关系，“苹果”是“果树”的果实，前后对应方式不一致，排除；
C项：“蛋白质”是“牛奶”的组成部分，二者属于包容关系中的组成关系，“维生素”是“苹果”的组成部分，二者属于包容关系中的组成关系，前后逻辑关系一致，符合；
D项：“牛奶”是“奶牛”的分泌物，二者属于主体和分泌物的对应关系，“苹果”的售卖地点可以是“超市”，排除。
因此，选择C选项。